先说结论：千门虚舟机关解谜分两步，先点亮三个雷元素方碑解锁中间的雷方柱，再按顺序转动四个方柱让图案对齐就能开门。
进秘境之后，你会看到场地里有三个雷元素方碑散落在四周，一个在左前方靠近栅栏，一个在右后方角落，还有一个藏在正后方的木箱后面。用雷元素角色（刻晴、雷泽、菲谢尔都行）依次激活这三个方碑，激活之后方碑会发光，同时中间会升起一根大的雷方柱。顺序随意，三个都点亮就行。
中间的雷方柱起来之后，你会发现它和周围四根小方柱上都刻着图案。这时候需要转动四根小方柱，让它们朝向中心的图案能拼成一个完整图形。具体怎么转：站在方柱旁边会出现交互提示，点了之后方柱会旋转90度。
图案对齐的判断标准是看方柱侧面朝向中心那一面的纹路，四根小方柱的纹路要和中间大方柱的纹路接上，拼成一个对称的圆形图案。你转的时候可以绕着场地走一圈，从不同角度看，对上了纹路会很明显连成一片，对不上就是断开的。一般来说每根方柱转1到3次就能对上，实在看不准就每根都转一遍试试。
四根方柱全部对齐之后，中间的雷方柱会发出亮光，紧接着秘境大门自动打开。开门之后直接往里走就是战斗区域和宝箱，没有额外机关了。
容易卡住的两个点
第一个是找不到第三个雷方碑，那个藏在正后方的方碑被木箱挡住了一半，你绕到木箱后面才能看见，不贴近走很容易漏掉。第二个是转方柱的时候转晕了，如果实在对不上，就把四根方柱全转回初始位置（每根方柱转四次会回到原样），然后重新按顺序转，从左前方那根开始顺时针转一圈，每根转的次数分别是2次、1次、3次、1次，这个组合大概率能对上。
如果你队伍里一个雷元素角色都没带，那得先传送出去换人，秘境外面最近的传送点就在鸣神大社下方那个，换完再传回来。另外这个秘境是单人副本，组队状态下进不去，得退队才能进。