时间线按剧情顺序排是这样的：3的和平行者事件在1964年，V的痛苦之蛇和幻痛在1974到1984年，1的自由之魂在1995年，2的自由之子在2007到2009年，4的爱国者之枪在2014年。很多人按发行顺序玩的，其实全乱了，正确顺序应该是3、V、1、2、4，桃子这么排是有道理的，因为斯内克这条主线是往前走的。
先说V这一段，因为最容易被单独拎出来讲。幻痛和痛苦之蛇算一个完整故事，讲的是大boss从米勒手下变成毒蛇的过程，斯卡尔费斯在这里出场，也是后面1里那个反派的直接铺垫。玩V的时候不需要玩过3也能看懂，但看完V再回头玩3会多很多细节，比如The Boss这个角色对大蛇的影响，V里反复提到但没细说。
1和2怎么衔接的
自由之魂讲的是所罗门·斯内克，也就是固体蛇，潜入香克尔岛干掉利奎德。这段故事里出现的爱国者组织、基因编码这些设定，是后面所有剧情的地基。2代直接续在这之后，雷电这个角色第一次登场，很多人玩1的时候骂雷电烦人，其实雷电的支线故事在后面3代里补全了很多，包括他小时候当童子兵的经历，这段挺让人意外的，前期完全看不出来。
4代是老年斯内克的故事，爱国者之枪，把整条线收尾。斯内克这时候已经因为基因衰老提前老化，身体状况很差，这个设定跟前面3代种下的伏笔有关系，桃子在细节上埋得很深，不重新梳理一遍根本发现不了这些呼应。
还有个问题很多人会问，就是求生完全被砍了算不算正史。答案是不算，那个是外传性质的多人生存内容，跟主线时间轴没关系，不影响上面这条线。
幽灵行动这个副标题很多人以为是独立作品，其实它就是2代的重制加强版，剧情基本没变,画面和系统重做了。真正的支线外传是和平行者，讲三宅坂和斯内克的关系，人物塑造比正传里还立体一些,这条线不玩容易漏掉一大截人物关系。
另外3代跟4代之间还有个空档,官方一直没有正式作品填,幻痛某种程度上算是把这个空档往前延伸了,但真正连接3和4的中间事件目前只在文本和访谈里提到过,游戏本体没有直接展现。
整个系列梳理下来最大的收获是发现大boss和斯内克这两条线其实一直在互相呼应,V代里种下的每一个疑问,基本都在1代或者3代里能找到答案,反过来玩体验完全不一样。