《塞尔达传说：灵魂轨迹》的核心通关思路就一条：先搞定灵魂塔的阶层解锁，再把铁路网铺开，最后按区域清神殿。这个顺序能成立的前提是你愿意在火车驾驶和触控操作上花点时间适应，否则后面的限时关卡会卡得很难受。
灵魂塔是整张地图的中枢，每清完一个区域的神殿，塔里就多出一层可以爬。塔内机关主要集中在躲避幻影守卫和利用塞尔达灵魂附身铠甲这两件事上。幻影守卫的巡逻路线固定，背下来就行，不用硬拼。被打中会掉不少血，前期心之容器不多，硬闯很容易在半路翻车。
火车部分占整个流程的比重比很多人预想的高。铁轨上有敌人列车和野怪，撞上去直接扣血，速度越快撞得越狠。所以不要全程拉满速度，遇到弯道和岔路提前减速，尤其是黑暗区域的铁路，视野短，等看到障碍再刹车基本来不及。灵魂轨迹的火车操作判定偏松，但转向时车身有惯性，入弯前松手比入弯后再调整更稳。
几个容易卡住的神殿
火之神殿的吹气机关需要对着麦克风吹，判定有时不灵敏，吹的时候把DS靠近嘴部并且保持气流稳定，短促猛吹反而容易失败。森之神殿的触控画路线谜题，路线要一笔画完，中途抬笔就重置。这两个神殿本身流程不复杂，卡住多半是操作输入的问题，不是解谜思路的问题。
海之神殿的难点是水流方向切换，进房间先看墙上开关的位置，不要急着游。部分房间的开关藏在视角死角，需要转动镜头才能点到。这里的敌人以电属性为主，拿木盾没用，换铁盾或者干脆绕开打。
如果你是全收集党，灵魂轨迹的兔子收集和宝箱大多藏在铁路支线里，主线流程不会带你过去。支线铁路需要先找到对应的地图碎片，部分碎片在NPC手里，对话选项选错就拿不到，建议对话前存档。这类收集不影响通关，但对完成度有要求的玩家要提前规划路线，不然后期折返跑图很耗时间。
灵魂塔高层的连续守卫战是最吃操作的部分，尤其是最后几层，守卫数量多且路线交叉。打法上优先清理小怪，再用塞尔达附身铠甲吸引守卫注意，林克从背后接近。这里的时间限制不算紧，但乱跑会引到多个守卫，逐个处理比一起拉更省心。通关后还有额外内容，不过主线到这里就结束了。